העונה הראשונה שודרה לראשונה בארצות הברית בין הÎ29 באוגוסט 2005 לÎ15 במאי 2006. לינקולן בורוז מואשם ברצח של טרנס סטדמן, אחיה של סגנית נשיא ארצות הברית. בעזרת ראיות שפוברקו ושונו על ידי סוכני "החברה", מורשע לינקולן ברצח בכוונה תחילה ונגזר עליו עונש מוות, כאשר ההוצאה להורגמתוכננת להתבצע תוך מספר חודשים בכיסא חשמלי. למרות הרשעתו מתעקש לינקולן שהוא חף מפשע, ושהוא הופלל. אחיו של לינקולן, מייקל סקופילד, מאמין לו ומתכוון לעשות כל שביכולתו כדי לעזור לו. כדי לעזור לאחיו לברוח מהכלא, מתכנן מייקל שוד מזוין, שעונשו יהיה מאסר בפועל. הוא מבקש לרצות את מאסרו בכלא באזור שיקגו, כדי להגיע לכלא "פוקס ריבר", שבו כלוא אחיו. מייקל תכנן את הבריחה מהכלא בעזרת השכלתו כמהנדס בניין ובעזרת תוכניות המתאר של הכלא, שהיו ברשותו כי היה שותף בתכנון שיפוצו של פוקס ריבר. מייקל קיעקע על פלג גופו העליון את מפת הכלא, מסלול הבריחה, תוכניות לגיבוי ונתונים נוספים שיעזרו לו בתוכנית (כגון שילובי כימיקלים המסוגלים לפרק מתכת, קודי אבטחה של הכלא ומידע על אסירים לצורך מניפולציות). במהלך העונה השנייה מתברר כי הקעקועים מכילים גם מידע על ההתמודדות מחוץ לכותלי הכלא. במהלך מימוש התוכנית, עובר מייקל מכשולים רבים, יוצר קשרים עם אסירים אחרים ועם עובדי הכלא ואפילו מתחבר עם מנהל הכלא. כמו כן מייקל ורופאת הכלא דוקטור שרה טנקרדי מתאהבים אחד בשני. מייקל בעונה זו מתגלה כגאון, שהכין תוכנית מפורטת ביותר של הבריחה, כולל תוכניות גיבוי מורכבות. בזמן שמייקל פועל בכלא, חברת ילדות של לינקולן, עורכת הדין ורוניקה דונובן, פועלת מבחוץ כדי לחשוף את הקנוניה שהובילה להפללתו של לינקולן. היא מגלה שורה של מקרים מוזרים וגורמת לסוכני "החברה" לדלוק בעקבותיה. בכל פעם שהיא מצליחה למצוא רמז כלשהו שעלול להוביל לחפותו של לינקולן, דברים משתבשים (רצח של ארוסה, ניסיונות חטיפה וכו'). באותו לילה שמייקל ולינקולן נמלטים מפוקס ריבר בהצלחה, ורוניקה מוצאת את ההוכחה החותכת לחפותו של לינקולן – טרנס סטדמן, שאותו כביכול לינקולן רצח, עדיין חי.


פשע לצפיה ישירה